Untuk mengelola TNBT telah dilakukan beberapa kerjasama dari berbagai pihak yaitu:

1. Program Konservasi Harimau Sumatera kerjasama dengan The Tiger Foundation dan WWF

2. Program Pencegahan dan Penanggulangan Kebakaran Hutan kerjasama dengan JICA. Tujuan program adalah meningkatkan keterampilan Polisi Kehutanan dan masyarakat dalam upaya pemadaman kebakaran hutan. Untuk itu telah dibangun Pusat Pelatihan Pemadaman Kebakaran Hutan di Camp Granit yang dilengkapi dengan sarana-prasarana pemadaman kebakaran hutan
3. Program Reintroduksi Orang Utan kerjasama dengan FZS (Frantfurt Zoological Society). Telah dibangun Pusat Reintroduksi Orang Utan di Dusun Semerantihan Kecamatan Sumay Kabupaten Tebo Jambi.
4. Program Pengelolaan Ekowisata bekerjasama dengan Yayasan Alam Sumatera (YASA)
5. Program pengelolaan keanekaragaman hayati (terresterial biodiversity) kerjasama dengan Kementerian Lingkungan Hidup c.q. Deputi Bidang Pelestarian Lingkungan - Kerajaan Norwegia dan Bapedalda Kabupaten Indragiri Hulu.
   Tujuan utama dari program Teresterial Bioversity adalah meningkatkan pemahaman dan kemampuan berbagai lembaga di daerah, baik pemerintah maupun non-pemerintah serta masyarakat disekitar taman nasional dalam perencanaan dan pengelolaan TNBT secara terpadu melalui pendekatan ekosistem. Program ini mencakup 4 kabupaten yaitu Indragiri Hulu dan Indragiri Hilir di Provinsi Riau dan Kabupaten Tanjung Jabung Barat dan Tebo di Provinsi Jambi.